廣州醫(yī)科大學中西醫(yī)結合研究所成立于2013年1月4日，研究所下設5個臨床研究室及1個基礎實驗室。廣州醫(yī)科大學中西醫(yī)結合學科以中西醫(yī)結合研究所為主，創(chuàng)建于20世紀70年代，是華南地區(qū)中西醫(yī)結合重要的臨床、教學和科研基地。2003年該學科作為學校重點學科加以建設；2005年開始招收中西醫(yī)結合專業(yè)碩士研究生；2007年招收中西醫(yī)臨床專業(yè)五年制本科學生；2010年獲得中西醫(yī)結合專業(yè)一級學科碩士點，并于同年成立中西醫(yī)臨床醫(yī)學系；2012年中西醫(yī)結合臨床學科獲批成為“國家中醫(yī)藥管理局重點學科”。該學科擁有1個國家中醫(yī)藥管理局“十一五”重點專科（中醫(yī)肺病專科)；2個廣東省中醫(yī)藥重點專科（肺病科、乳腺病科）；3個廣州市“1357工程”重點專科(中西醫(yī)結合呼吸專科、中醫(yī)乳腺病專科、中西醫(yī)結合脂肪肝專科）；3個廣州市中醫(yī)名科（中西醫(yī)結合消化專科、針灸專科、中西醫(yī)結合脂肪肝專科）；1個國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點建設專科（中醫(yī)肺病專科)；1個廣東省中醫(yī)藥局“十二五”重點建設專科（中醫(yī)婦科）；3間附屬醫(yī)院喜獲“全國綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位”榮譽稱號（廣醫(yī)一院、廣醫(yī)三院、廣醫(yī)荔灣醫(yī)院）。該學科的主要研究方向：中西醫(yī)結合傳染病方向；中西醫(yī)結合呼吸病方向；中西醫(yī)結合生殖內分泌疾病方向；中西醫(yī)結合消化病方向；中西醫(yī)結合慢病康復方向。

近年來，研究所發(fā)表論文共100余篇，SCI、EI、ISTP收錄3篇。獲得國家自然科學基金項目15項，國家中醫(yī)藥管理局基地課題1項，省部級項目32項，廳、市級及其他科研項目29項，參研國家“十一五”科技支撐計劃2項，總計獲得科研、學科及專科建設經費近千萬元；獲得教育部科技獎2項，廣東省科技獎3項，廣州市科技獎1項。科研成果轉讓1項，獲國家專利1項，研制系列院內制劑19種（如天龍咳喘靈、天龍茶、健乳靈等）。

研究所擁有專業(yè)細胞學實驗室、生物化學實驗室、藥理實驗室等，有設備齊全的實驗儀器。開展了原代細胞培養(yǎng)、細胞原位雜交技術、蛋白質提純及分析等基礎試驗。

作為國內外中西醫(yī)結合學術交流與科研合作的平臺，與美國、日本、瑞典等地區(qū)及國內的香港大學、澳門科技大學、清華大學、廣州中醫(yī)藥大學、黑龍江中醫(yī)藥大學等單位的研究院所建立了廣泛的學術交流與科研合作。