鐘南山同志長期從事呼吸疾病的臨床、教學和科研工作，是近十多年來我國呼吸疾病臨床與基礎(chǔ)研究水平走向國際前列的學術(shù)帶頭人。通過創(chuàng)制的“簡易氣道反應性測定法”及流行病學調(diào)查，首次證實并完善“隱藏型哮喘”的概念，被WHO所采納；對我國慢性咳嗽病因譜進行了系統(tǒng)的分析，闡明了胃食道反流性咳嗽的氣道神經(jīng)炎癥機制。創(chuàng)制“運動膈肌功能測定法”，首次證實即使早中期COPD病人也有60%存在蛋白—能量營養(yǎng)不良，制定了補充其基礎(chǔ)耗能的校正公式。組織了我國的COPD流調(diào)，首次明確了國人的COPD患病率。

       在2003年我國SARS疫情中，確立了廣東的病原學，組織了廣東省SARS防治研究，創(chuàng)建了“合理使用皮質(zhì)激素，合理使用無創(chuàng)通氣，合理治療并發(fā)癥”的方法治療危重SARS患者，獲國際上最低的死亡率（3.8%），且合并癥發(fā)生最少。2007年，領(lǐng)銜申報創(chuàng)建成功國內(nèi)首家呼吸疾病國家重點實驗室，為我國呼吸系統(tǒng)疾病的基礎(chǔ)與臨床防治工作建設(shè)了一個高水平的創(chuàng)新平臺。

       多年來先后主持國家863、“十五”科技攻關(guān)、國家自然科學基金重點項目、WHO GOLD委員會全球協(xié)作課題等重大課題十余項，榮獲國家科技進步二等獎、三等獎，廣東省科技進步特等獎等獎項。

       鐘南山同志注重教書育人，在長期的醫(yī)學教育實踐中逐步形成了自己獨特的教育思想，他堅持“學做人與學本領(lǐng)”相統(tǒng)一，將學生融入全程德育培養(yǎng)；他注重培養(yǎng)學生的“五性”，即學習上的自主性、工作上的創(chuàng)造性、對病人的責任性、對集體的合群性和對社會的適應性。已培養(yǎng)品學兼優(yōu)的博士后、博士、碩士研究生幾十人。在全黨開展的保持共產(chǎn)黨員先進性教育活動中，鐘南山同志積極參與，以實際行動詮釋“先進性是共產(chǎn)黨員的本色”和“業(yè)務(wù)尖子不一定是共產(chǎn)黨員，但優(yōu)秀的共產(chǎn)黨員必須是本行業(yè)的業(yè)務(wù)尖子”的內(nèi)涵，繼續(xù)為著自己的人生理想不停追求。他積極參政議政，履行一名黨員的義務(wù)。在認真調(diào)研的基礎(chǔ)上，對社會關(guān)注的“看病難、看病貴”提出了系統(tǒng)的解決思路，并在近年“兩會”期間積極建言獻策。如針對“一藥多名”現(xiàn)象，建議改進藥品監(jiān)管環(huán)節(jié)，重視藥品的生產(chǎn)流通定價問題；針對醫(yī)改中政府職能缺失的問題，建議加大投入，恢復公立醫(yī)院的公益性，加強社區(qū)醫(yī)療的建設(shè)。這些政策建議受到了重視，一定程度促進了醫(yī)療衛(wèi)生工作的改進和發(fā)展。

       近年來先后榮獲“全國五一勞動獎?wù)?rdquo;、“全國白求恩獎?wù)?rdquo;、“南粵杰出教師”、“全國道德模范（敬業(yè)奉獻）”等榮譽稱號。